非課税期間20年間が終わると、つみたてNISA口座内の投資信託は、その時点の価額を新しい取得価額として特定口座や一般口座などの課税口座に移管され、その後の分配金や売買益等については課税されます。
なお、NISA口座では5年間の非課税期間満了時に翌年の非課税枠に移管する（ロールオーバー）ことは可能ですが、つみたてNISA口座はロールオーバーできません。